Inspektorat
  1. Inspektorat
Sekretariat
  1. Sekretariat Daerah
  2. Sekretariat DPRD
Dinas
  1. Dinas Komunikasi Dan Informatika
  2. Dinas Perikanan
  3. Dinas Pendidikan Dan Kebudayaan
  4. Dinas Pemberdayaan Masyarakat Dan Desa
  5. Dinas Penanaman Modal Dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu
  6. Dinas Perpustakaan Dan Kearsipan
  7. Dinas Tenaga Kerja Dan Transmigrasi
  8. Dinas Pariwisata
  9. Dinas Kesehatan
  10. Dinas Kependudukan Dan Pencatatan Sipil
  11. Dinas Perhubungan
  12. Dinas Lingkungan Hidup
  13. Dinas Pemadam Kebakaran
  14. Dinas Pekerjaan Umum Dan Penataan Ruang
  15. Dinas Perindustrian, Perdagangan, Koperasi Dan Usaha Mikro
  16. Dinas Perumahan Rakyat, Kawasan Pemukiman Dan Pertanahan
  17. Dinas Sosial
  18. Dinas Pemberdayaan Perempuan Dan Perlindungan Anak
  19. Dinas Pemuda Dan Olahraga
  20. Dinas Ketahanan Pangan Dan Pertanian
  21. Dinas Ketahanan Pangan
  22. Dinas Pertanian
Badan
  1. Badan Kepegawaian Dan Pengembangan Sumber Daya Manusia
  2. Badan Pengelola Keuangan, Pendapatan Dan Aset Daerah
  3. Badan Perencanaan, Penelitian Dan Pengembangan Daerah
  4. Badan Kesatuan Bangsa Dan Politik
  5. Badan Pengelola Perbatasan
  6. Badan Pengelolaan Pajak Dan Retribusi Daerah
  7. Badan Penanggulangan Bencana Daerah
Instansi Lainnya
  1. Unit Layanan Pengadaan
  2. UPTD Rumah Sakit Umum Daerah Natuna
Instansi Vertikal
  1. Badan Pengawas Pemilihan Umum
  2. Badan Pusat Statistik
Instansi Non Pemda
  1. Layanan Pengadaan Secara Elektronik
  2. Badan Amil Zakat Nasional
  3. KPU Natuna
Kecamatan
  1. Kecamatan Bunguran Timur
  2. Kecamatan Bunguran Barat
  3. Kecamatan Bunguran Utara
  4. Kecamatan Bunguran Tengah
  5. Kecamatan Bunguran Timur Laut
  6. Kecamatan Bunguran Batubi
  7. Kecamatan Bunguran Selatan
  8. Kecamatan Pulau Laut
  9. Kecamatan Subi
  10. Kecamatan Pulau Tiga
  11. Kecamatan Pulau Tiga Barat
  12. Kecamatan Serasan
  13. Kecamatan Serasan Timur
  14. Kecamatan Suak Midai
  15. Kecamatan Midai
  16. Kecamatan Seluan
  17. Kecamatan Pulau Panjang